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データベース:遺伝子・変異関連データベース



ヒト,マウスのゲノム,ESTデータベース

マイクロアレイ実験による遺伝子発現データ
GOOD
癌とそれに関連した疾病の原因遺伝子データベース
GOOD
GS(Gene Signature)収集でつくられたヒト,マウスの遺伝子発現データベース.代表的な組織ごとの絶対発現量の目安が得られる

特定の癌細胞で発現している遺伝子を検索することができる
GOOD
クローニングベクターのデータベース

CFTCの変異およびCFのデータベース

サイトカインの多型と疾患のデータベース

サイトカインファミリーのEST配列を集めたデータベース.GenBank,dbEST,GDBなどさまざまな関連データベースにリンクしている




GOOD
ENU(Ethylnitrosourea)を使って塩基置換を導入し,網羅的な表現形質のスクリーニングで突然変異の入ったマウスやラットの系統を作製しようとするものである

ショウジョウバエの脳・神経の遺伝子発現データベース.発達段階の異なる画像データ,概念図,文献情報などがある

ショウジョウバエのエンハンサートラップ系統の遺伝子発現データベース.画像データと遺伝子型や発達段階のテキスト情報からなる

遺伝子,遺伝病のデータベース

遺伝子ネットワークデータベース

NCBIのサイトにある病気と遺伝子に関するデータベース.染色体ごとに,マップされている疾患が表示される.決して網羅的ではないので,文献検索を併用する

「Links to the Genetic World」の一項目.突然変異や遺伝病の原因遺伝子に関するデータベースサイトや情報サイトへのリンク





Factor IX coagulation の変異データベース
GOOD
イスラエルのWeizmann Institute of Scienceが公開している,疾患と密接に関わっていると考えられる遺伝子やタンパク質などの因子についてまとめたデータベースサイト.病名や因子名をキーワードにして検索ができる

変異データベースリンク集がある.このinitiativeへの参加はURLから申し込める

ヒトの遺伝子発現データベース.マウスの発生過程に対応するヒトの発生過程の段階を簡単な説明や文献とともに収めてある
GOOD
ヒト遺伝子病関連遺伝子の突然変異を毎週250誌以上の雑誌の中から検索して収集している.検索結果では,Mutation type,Phenotypeをリストアップするだけでなく,OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)やGDB(Genome Database)などの外部データベースとも連携している.2000年10月にCelera Genomics社と提携している

PAX2の変異,疾患データベース

annotated UniGene clusterのデータベース
GOOD
p53の変異,遺伝病のデータベース

遺伝子の変異と疾患に関するデータベース

マウスにおける遺伝子発現データベース

遺伝子に関するさまざまなデータベース,解析ツールがある,ロシアのサイト

プローブのデータベース
GOOD
変異データベースリンク集

EMBL(European Molecular Biology Laboratory)のサイト内にある,突然変異に関するリンクページ.MutResへのデータ登録ページや国際学会のページへリンクしている





NCBIが提供するEST (Expressed Sequence Tags)のデータベース.“Search dbEST”からキーワードで検索できる
GOOD
NCBIが提供するSTS(Sequecse tagged site)のデータベース

p53の他,hprt,lacZやlacI遺伝子のデータベースがダウンロード可能.MS-DOS上で動作する解析ソフトなども提供している

各種動物の遺伝子,遺伝病のカタログ
GOOD
ヒトの遺伝子や遺伝子疾患に関わる情報の統合データベースサイト.該当遺伝子の文章による解説や関連文献へのリファレンス,Entrezとの連携によるDNA・タンパク質データへのリンクなど

p53の変異,遺伝病およびその解析結果のデータベース.いろいろな情報があり便利

PAHの変異およびHPAのデータベース

PCRプライマーのデータベース

SAGEの発現データベース
GOOD
NCBIのサブサイトの一つで,遺伝子データベース,ヒトの遺伝病,突然変異などに関わる情報を提供している.DNAから配列情報,文献など多くの関連情報にあたることができる

マイクロアレイの発現データベース





lacI遺伝子に関する突然変異データベースや変異原となる化学物質に関する表など,動物(特にラット,マウス)の突然変異に関する情報が豊富にある

マウスの遺伝子発現データベース.発生過程と遺伝子発現の様子を3次元でマッピングしている

発現している遺伝子のデータベース

分泌腺の発生における遺伝子発現

腎臓発生過程の遺伝子発現データベース.細胞別で遺伝子発現の有無を表記. 文献情報もある

フランスのキュリー研究所のChristophe BeoudとThierry Soussiによるp53突然変異データベース.1997年時点のデータベースファイルがダウンロードできる

癌原遺伝子と癌抑制遺伝子のデータベース

遺伝子中心の核酸のクラスタリング,non-redundant

ヒトcDNAのデータベース.EST情報が充実している
GOOD
配列に関する総合的なデータベース.STSマーカー,Gap,EST,遺伝子,mRNA,SNPsなどが配列地図上に載っている. 一度に幅広く情報を得たいときに便利.長期間更新されていないときがあるので注意が必要
GOOD
各遺伝子のクラスターごとにゲノムDNA配列を分割するツール.すでに登録してある数10万のEST情報を用いれば新規遺伝子が発見できる.ただし,分割システムは完ぺきではないので注意が必要

ヒト遺伝子とマウス,ラットなどのホモログデータをgene symbol,gene description,MIM number,cytogenetic locationやspeciesで検索できる.ただし,1997年以降はデータが更新されていない