DataBase：Nucleic acid, amino acid, and protein databases
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DataBase：Nucleic acid, amino acid, and protein databases | |
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This database is to provide information on nucleotide sequences of 5S rRNAs and their genes. | |
AAA: ATPases Associated with various cellular Activities. These proteins can be searched with direct from dendrogram or keywords.
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PROCAT provides facilities for interrogating a database of 3D enzyme active site templates.
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PIR-ALN is a curated database of protein sequence alignments derived from sequences and annotation in the PIR-International Protein Sequence Database.
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The 3-dimensional structure database of the nucleic acid (DNA, RNA) and its protein complex in the site of the nucleic acid database (NDB) of a New Jersey State University.
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 | 類似タンパク質のアミノ酸配列のマルチプル・アラインメントからモチーフを自動的に抽出 |
タンパク質ファミリーデータベース．SWISS-PROTとTrEMBLのデータを対ごとに比較した後，クラスタリングしている | |
かずさDNA研究所が公開している，各種生物のコドンテーブルを表示してくれるページ．ただし，ブラウザの設定でJavaを有効にしておかなければ動作しない | |
かずさDNA研究所によるコドンのデータベース | |
COG（Clusters of Orthologous Groups of proteins）データベースでオーソログ群を定義する | |
| 保存されたドメイン構造のデータベース |
サイトカインシグナル経路に関するデータベース
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フォールドの類似性によるタンパク質の分類データベース | |
タンパク質・他の生体高分子の三次元構造のデータベース | |
タンパク質の相互作用に関するデータベース | |
キーワードやアクセッションナンバーなどを基にして，各種のDNA，タンパク質などを検索 | |
| 国立遺伝学研究所生命情報研究センターが提供．米国NCBI，欧州EBIとの共同で国際DNAデータベースを構築．FASTA，BLAST，WAISなどの各種検索サービスを利用できる |
| DNAのメチル化のデータベース |
| メチル化の一般的な情報があるが，一部を除いて有料である |
U.S. DNA patentsのデータベース．DNAに関した特許が網羅されており，Search，Browse，Lookupなどいくつかのパターンで無料で検索できる | |
アミノ酸ドメインデータベース．SWISS-PROTとPIRを元に自動分割でドメインを作成 | |
タンパク質立体構造分子の表面の静電ポテンシャル分布に着目したデータベース | |
| NCBIが提供する統合データベース検索サイト．塩基配列，アミノ酸配列，文献などのデータを検索可能 |
塩基配列のデータベース（NCBI） | |
注釈つきタンパク質配列のデータベース（NCBI） | |
真核生物のプロモーターデータベース | |
| GeneBank，DDBJと共同で核酸・タンパク質に関するデータベースを構築しているほか，バイオインフォマティクスに関するツールを提供している |
| 酵素の命名に関するデータベース．酵素名，EC（Enzyme Commission）Numberなどで検索できる．国際生化学分子生物学連合IUBMBの命名委員会の推薦基準に準拠しており，個々のデータにEC番号が与えられている |
| タンパク質ファミリーとドメインのデータベース．ドメインに関する説明の書かれたProfileを検索できる．三次元構造データやアミノ酸配列データともリンクしている．未知遺伝子の機能の推定に役に立つ |
| タンパク質のアミノ酸配列の注釈つきデータベースである．TrEMBLはそのsupplement でEMBLのDNA塩基配列から推定されるタンパク質の配列を含む
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| GenBank，EMBL，DDBJで毎日データを交換，NCBIのEntrezからGenBankにアクセスするのが最も便利 |
アクセッションナンバーをもとにして，各種のDNA，タンパク質データベースより情報を取り出す | |
Gタンパク質共役型レセプター（GPCR）のデータベース | |
| かずさDNA研究所によるHUGE（Human Unidentified Gene-Encoded Large Proteins Analyzed by Kazusa cDNA Project）データベース |
BACの末端配列を格納したデータベースがある | |
ヒトcDNAのデータベース | |
ヘリックス研究所の，完全長cDNA塩基配列と配列解析情報のデータベース | |
 | The Human Protein Reference Database represents a centralized platform to visually depict and integrate information pertaining to domain architecture, post-translational modifications, interaction networks and disease association for each protein in the human proteome. All the information in HPRD has been manually extracted from the literature by expert biologists who read, interpret and analyze the published data. HPRD has been created using an object oriented database in Zope, an open source web application server, that provides versatility in query functions and allows data to be displayed dynamically.
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| タンパク質関連のデータベース（PROSITE，PRINTS，ProDom，Pfamなど）を統合したもの．最新版のリリース3.2（2001年9月）には，1,009個のドメイン構造，2,850個のタンパク質ファミリー，65個のリピート構造，15個の翻訳後の修飾部位が登録されている |
タンパク質ファミリーデータベース．PIRとSWISS-PROTのデータを， PIRのスーパーファミリーとPROSITEのパターンで定義されるファミリーに分類している | |
プロテオームのデータベース | |
免疫学的に興味のあるタンパク質の一次アミノ酸配列を記載したデータベース | |
| 細胞内の代謝系を中心としたデータベース．タンパク質の構造的な特徴や，機能，およびゲノム関連情報がデータベース化されている
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| 総合データベース．RefSeq， OMIM， PubMed， MapView， AceView， Uni-Gene，SNPs， HomoloGene， G DB， Proteomeのデータベースにリンクしている．マウス，ラット，ショウジョウバエ，ゼブラフィッシュのデータもある |
| タンパク質ファミリーデータベース．SWISS-PROT， TrEMBL， GenPept， PIRおよびNRL3Dからnon-redundantな配列セットを作成し， DOMO， ProDom， Pf am， Blocks， Prints， Proto MapおよびSBASE-Aで検索した結果から配列をグループ分けし， ファミリーを定義している |
タンパク質と核酸配列モチーフの検索 | |
| 核酸関連のデータベース |
| PubMed，Entrez，BLAST，OMIMなど，さまざまなバイオテクノロジーに不可欠なデータベースを提供している |
NCBIが提供するSequence Tagged Sitesのデータベース．“Search dbSTS”からキーワードで検索できる | |
構造データベースであるMMDB（Molecular Modeling DataBase）がある | |
核酸の三次元構造のデータベース | |
核内レセプターのデータベース | |
| SWISS-PROT，PIR，Genbank（翻訳したもの），NRL_3Dのデータをもとにして，重複がない（non-redundant）ように再構成したもの
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| アミノ酸ドメインデータベース．PfamAとPfamBからなる．PfamAはPROSITE，ProDomなど複数のデータベースから種となるアミノ酸配列を取り出し，マルチプルアライメント後，HMMで表記 |
| SwissProt，NRL_3D，Kabat，EMBL（翻訳したもの），GenBank（翻訳したもの）に登録されたアミノ酸配列を重複のないように再構成し，PIRに含まれるものを除いたもの．PIRと併用することを前提としてつくられている |
PDBに立体構造が登録されているタンパク質のアミノ酸配列（部分配列の場合もある）をデータベース化したもの | |
タンパク質の構造に関するデータベース | |
| アミノ酸モチーフデータベース．モチーフの名前，配列などからタンパク質を検索できる |
アミノ酸ドメインデータベース．BLASTかPSI-BLASTでアライメント後，自動分割してドメインを作成する | |
タンパク質ドメインデータベース | |
| 線虫と酵母の遺伝子にコードされているタンパク質に関する情報を網羅．キーワード配列による検索の他，さまざまなカテゴリー（機能・局在・修飾など）から目的のタンパク質を選択することができる．登録が必要 |
タンパク質ファミリーデータベース．SWISS-PROTについて， SW， FASTA， BLASTでペアワイズの相同性を計算した結果から配列をクラスター化し，ファミリーを定義している | |
ミシガン州立大学のCenter for Microbial Ecologyが進めている，リボゾームに関するデータを総合的に収集・解析して提供するプロジェクト | |
リボゾームRNA変異データベース
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タンパク質ファミリーのデータベース．タンパク質ファミリー内のアミノ酸配列のアライメントを表示できる | |
| タンパク質を立体構造で分類しているサイト．階層を順次たどっていくことで，同様の立体構造をもつタンパク質ファミリーがわかる |
| アミノ酸関連のデータベース |
| 真核生物のプロモータのデータベース |
リガンドのデータベース | |
アミノ酸配列中のモチーフ構造の検索 | |
タンパク質の変異体のデータベース | |
| 蛋白質研究奨励会（PRF）作成のアミノ酸配列データベースPRF/SEQDBを，ゲノムネットが提供する検索システムDBGETで検索できるサイト |
転写因子のデータベース | |
| EBIが提供する統合データベース検索サイト．SWISS-PROT，EMBLをはじめ12ヶ所のデータベースからキーワードによる検索ができる |
| sRNA関連のデータベース．他のRNAのデータベースにはない，実際に決定された配列が掲載されている．他のRNAのデータベースへのリンクも充実している |
アミノ酸シグナルドメインデータベース．マルチプルアライメント後，隠れマルコフモデル(HMM)で表記 | |
| 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターと科学技術振興事業団の共同プロジェクトで実施された．2年間でSNPsを15万カ所探索すること，関連する情報を公開すること，多型を解析するための解析ソフトを開発することを目的としている |
遺伝子中心の核酸のクラスタリング，配列データの重複なし(non-redundant) | |
核酸・タンパク質に関するデータベース | |
構造ゲノムに関するデータベース | |
| アミノ酸配列データベース．主にEMBLから翻訳した情報やPIRに登録されている情報などからなる．注釈が豊富で関連情報を得るのに優れている |
タンパク質データベース
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CaM標的タンパク質データベース | |
| ヒトゲノムの変異に関するデータベース．2000年10月にCelera Genomics社と提携しており，それ以降毎月500件程の更新がある |
| タンパク質ファミリーデータベース．共通のドメインをもつファミリーを検索でき，それらのアライメントを表示できる．また，関連データベースへもリンクしてくれる |
| 大阪大学蛋白質研究所が中心になって，Protein Data Bank（PDB）のデータの登録作業も含めて広い範囲で維持管理をサポートしているタンパク質の三次元構造データベース |
RNA転写後修飾データベース | |
立体構造，配列などの核酸データベースリンク集．ソフトウエアや本の紹介もあり大変便利 | |
ベルギーのアントワープ大学生化学分子生物学部が提供．rRNAの塩基配列，文献などの情報を総合的に収集している | |
転写因子のデータベース | |
| ヒトcDNAのデータベース．EST情報が充実している |
タンパク質ファミリーデータベース．隠れマルコフモデル(HMM)を使い，相同配列ごとにファミリーを定義している | |
東京都老人総合研究所の老化指標蛋白質データベース | |
転写因子のデータベース | |
転写調節部位に関するデータベースサイト．細胞周期，内分泌系，赤血球特異的などに分類されている | |
転写因子に関するデータベースサイト．キーワードによる検索が可能 | |
| アミノ酸配列データベース．SWISS-PROTに何らかの理由で載らない，もしくはアノテーションがまだ不十分なデータを扱っている． 更新が速くデータ量は多い
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フォールドの類似性によるタンパク質の分類データベース | |
| 配列に関する総合的なデータベース．STSマーカー，Gap，EST，遺伝子，mRNA，SNPsなどが配列地図上に載っている． 一度に幅広く情報を得たいときに便利．長期間更新されていないときがあるので注意が必要 |
| uRNAのデータベース |
| Anderson Unicom Group, Inc.が提供するベクターのデータベース．“Search Vector db”からキーワードで検索が可能 |
EFハンドコンフォメーションデータベース | |
| NEDO（新エネルギー・産業技術総合開発機構）が提供する．日本で取得されたヒトcDNA約3万クローンについて，その塩基配列を決定し，配列情報及び遺伝子機能に関する情報に基づいたデータベースを構築し，ゲノム情報応用のために必要な基盤技術の整備を行う |
文献からアミノ酸配列データを蒐集してデータベース化したもの
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