遺伝子とタンパク質の配列解析を簡単に行うサイト．日本語解説あり

PCRのシミュレーションとテストやプライマーデザインのMac用ソフトAmplifyのサイト

Pasteur Instituteが提供している解析ツールサイトのリンク集．配列解析，モチーフ解析などの項目に分類してあり，リンク先の数も多数

さまざまな生物からBAC/PACライブラリーを作製

Baylor College of MedicineのHuman Genome Centerが提供している分子生物学研究用解析ツール集．遺伝子解析，タンパク質解析などのツールが一通りそろっている

NCSA（National Center for Supercomputing Applications）が提供している分子生物学研究用の解析ツールサイト．データベース検索，タンパク質解析，核酸解析，配列・構造解析に関するさまざまなツールが利用できる．利用にあたっては登録が必要（無料）

ゲノムの解析や検索，タンパク質のドメイン解析など

BioSupplyNetにある研究用ツール・データベースサイトへのリンク集．核酸・ゲノム・タンパク質の大項目の下にさらに細分化された項目が配置されており，目的のページに容易にたどり着ける

脳のMRI画像の3次元構築，定量的解析に特化したNIH ImageであるBrainImageのプログラムが入手できる

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目的のタンパク質の酵素消化断片の質量を入力することで，SwissProt，EMBLから該当するタンパク質を検索し，E-mailで知らせてくれる

ヌクレオチド配列を解析できる．また，自分のパソコンにあるFasta形式の配列をロードできる

東京理科大学山登研究室が公開している解析ツールサイト．「アミノ酸のコード変換」，「ＤＮＡ塩基配列からアミノ酸配列へ変換」，「アミノ酸配列からＤＮＡ塩基配列へ変換」，「カセット変異用の制限酵素切断サイトの挿入の支援」の4つのCGIプログラムが利用できる

化学関連の各種解析ソフトを開発・販売しているCamsoftが提供している，化学薬品の構造式や化学的性質などが検索できるサイト．薬品名，構造式，分子量などで検索ができる

タンパク質の構造をブラウザ上で表示するのに最近よく用いられる．Plug-In．Netscape用，Internet Explorer用がある

シークエンスアラインメントプログラム

アメリカのFred Hutchinson Cancer Research Centerが提供している，アミノ酸配列のマルチプルアライメントからdegenerated primerを作成するツールサイト

NIHが提供する分子生物学関連の分析ツールサイト，データベースサイト等へのリンク．塩基配列やアミノ酸配列の解析サイトはもちろんのこと，各種リファレンスやソフトウェアを扱うサイトへもリンクしている

タンパク質のアミノ酸配列から等電点を予測する

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ドメイン構造をデータベース（CDD：Conserved Domain Database）と比較して，類似のドメイン構造をもつタンパク質と並べることで機能を予測する解析ツール

親系統間で多型を示すマーカーの検索

相同検索のFASTA，BLAST，PSI-BLAST，SSEARCHや，多重整列と系統樹作成のCLUSTALWなどがある

フランスのINFOBIOGENが公開している分子生物学関連のデータベース・ツールサイト集．リンク先の短い解説が付いている

Rockefeller UniversityのComputing Searviceにある解析ツールサイトのリンク集．ジャンル分けがされており，リンク先の特徴を解説してある

農業生物資源研究所のDISCのホームページ．各種データベース検索ツールをはじめとした，関連サイトへのリンクが豊富

オランダの国立分子科学研究所蛾提供するタンパク質の二次構造予測ツール

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NCBIの提供する，塩基配列からSTS（Sequence Tagged Sites）を検索してくれるツール

EMBL-EMBL-EBIとSanger Centreが共同で運営するゲノムデータ解析サイト．ドラフト配列から自動的に遺伝子の予測・マーカーの位置・反復配列の位置などの注釈（annotation）を加えて公開している

GeneBankとDDBJと共同で核酸・タンパク質に関するデータベースを構築しているほかバイオインフォマティクスに関するツールを提供している

BLASTなどの基本的な配列解析ツールが揃っている．バイオインフォマティクスに関する外局（EBI）がある

SWISS-PROT/TrEMBLに登録されているデータの中から，pIと分子量の近いエントリーを検索するツール．６残基までのアミノ酸配列をタグとして入力し，該当する配列を含むタンパク質を検索できる

Swiss Institute of Bioinformaticsの提供しているSWISS-PROTのタンパク質・遺伝子解析ツール集サイト．タンパク質の解析なら，ここだけ押さえておけば充分であるといってもよいくらい多彩なサービスを提供している．タンパク質の二次元電気泳動パターンのデータベースはこのサイト独自のものであり，またタンパク質のアミノ酸配列の決定や高次構造解析の講習会が定期的に開催されている

豊富なタンパク質の構造解析ツールが利用できる．一次構造データから様々なプロテオミクス関連検索（タンパク質の同定，性質，ホモロジー，パターンプロファイル，修飾パターン予想など）が可能で，タンパク質情報学とタンパク質の構造機能解析における必須サイトである

タンパク質の配列分析に関する文献データベースである．キーワードや筆者名，本文から検索でき，掲載されている文献の筆者の電子メールアドレスやホームページのURLを知ることができる

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FASTA（Sequence Similarity Search）によるアミノ酸配列のホモロジー検索．日本のサイトだが英語のみである

スイスのEMBnet蛾提供するSmith-Watermanを用いた配列解析．Blastよりも5%感度が高い

マスマッピングのデータをアミノ酸配列から予想される値と比較し，どの値が計算値とマッチするか，またマッチしないペプチドについてはどのような修飾の可能性があるかを検討する

そのサイト名通り，タンパク質のフォールディングの解析ソフトを提供している．Windows，Linux ，Solaris，Mac OS X (PowerPC) 版がある

ヒトDNA，ヒトESTデータベースから，ESTマップを作成する

PCR用primer の設計サイト

原核生物や真核生物のゲノムシークエンス分析や，各種Gene Prediction Programsなどがある

BCM Search Launcherによるタンパク質の配列，パターン検索サイト

連鎖解析の種々のソフトウェアのリスト

mRNAのdifferential displayのサイト

タンパク質3次元構造の解析

ゲノムシーケンスの完全な遺伝子構造の予測

画像の形式を変換するソフトウェアGraphic Converterのサイト

数種の生物種のゲノム解析

ゲノム由来のタンパク質の配列データの解析結果をまとめたサイト

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JST複合スーパーコンピュータシステムによるホモロジー検索

アミノ酸配列の相同性に基づく二次構造予測

アミノ酸配列によりHydropathy Plotを解析する

ゲノムネットが提供している遺伝子・タンパク質の統合データベースおよび解析ツールをまとめたサイト．BLAST，FASTAの検索条件が表形式でまとめられている

WAISによるDNA，タンパク質，PDBなどのキーワード検索サービス

解析ツール集（一部有料）

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NIH Imageのマクロプログラム

質量分析データからタンパク質同定を行う検索ソフト（ペプチドマッピング法・ペプチド配列法）

タンパク質の立体構造比較サイト．4つの解析ツールがある

Biologistのためのソフトウェアリンク集

神経細胞画像を立体的に見せるソフトNeurolucidaなどを作成している

遺伝子に関するさまざまなデータベース，解析ツールがある，ロシアのサイト

Baylor College of Medicineの提供する，分子生物学関連のツール＆データベースサイトへのリンク．リンクが豊富で分類も的確にされている

PDB（Protein Data Base）検索サイト．検索結果を三次元画像で表示できる．別途にアプリケーションのRasmolか，ブラウザのプラグインであるChimeが必要

分子モデリングソフトウェアMOLMOLの公式サイト

染色体上の位置を指定してのマーカーの検索，特定のマウス系統間で多型を示すマーカーの検索に便利．イヌやネコも含めさまざまな哺乳類の種間で，遺伝子をアンカーに比較地図を検索できる

UCSFにあるProteinSpecterが提供する，アミノ酸配列を入力し，切断する酵素を選ぶだけで，消化後のペプチドマスを計算してくれるサイト

質量分析データからタンパク質同定を行う検索ソフト（ペプチド配列法）

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アメリカのNational Center for Genome Resourcesが提供している遺伝子・タンパク質関連データ解析ツール集

NCBIによるホモロジー検索ができるサーバ．塩基配列なら「Nucleotide BLAST」，アミノ酸配列なら「Protein BLAST」，アミノ酸配列中に既知の保存されたドメイン配列が存在するか調べるなら「Search for conserved domains」，２本の配列間のアラインメントなら「Pairwise BLAST」などがある．

さまざまな生物情報関係のデータマイニングツールがある

国立癌センターによるFastA，BLAST，SWsrchなど

バンドやスポットを定量するための非常に有名な画像処理ソフト．Mac用

ペーストした塩基配列の長さ，Tm値，GC含有率，g/M，pmol/1 ODがわかる

Windows用汎用画像解析ソフトOptimasのサイト

NCBIによるORF検出サイト

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産業技術総合研究所 生命情報科学研究センターが公開している並列タンパク質情報解析システムのサイト．タンパク質構造検索，タンパク質配列相同性検索，タンパク質配列マルチプルアライメント，タンパク質二次構造予測，DNAへの転写因子の結合部位予測などのサービスを行っている

断片化パターンの比較によるタンパク質の同定

ペプチドマスデータからタンパク質を同定するPepSeaのサイト

タンパク質のアミノ酸配列から，プロテアーゼで切ったときにでてくるフラグメントの配列と質量を予想する

ペプチドマッピングやペプチドシークエンシングによるタンパク質の同定を行う

質量分析データからタンパク質同定を行う検索ソフト（ペプチドマッピング法）

NIH Imageのプラグイン

タンパク質のシステイン残基の位置や酸化還元電位の予測

cDNA配列から開始コドンを同定するプログラム

PCRプライマーデザイン，DNAマイクロアレイ，plasmidベクタードローソフトなどを販売しているサイト

NIH Image関連の画像解析ツールプログラム

BIMASのPROSCANによるプロモーター領域の予測

MIPSによるタンパク質（スーパー）ファミリーとホモロジードメインの分類についてのサイト

BCM Search Launcherによるタンパク質二次構造予測サイト

ブラウザ上で利用できる質量分析ツール集サイト．MS-Fit，MS-Tag，MS-Seqなどがある

ProteoMetrics，Rockefeller University，NSF（National Science Foundation），NIHが協力して提供している，タンパク質の質量分析ツール，データベース検索ツールサイト

タンパク質の細胞内の局在化を予測するプログラム

分子モデリングソフトについて，簡単な解説とリンクをはっているリンク集

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PDBに登録されている結晶解析のデータ（.pdf形式のファイル）から立体構造を表示する

制限酵素で切断された断片のゲル電気泳動パターンのシミュレーションができる「REBsites」，ORFと1カ所切断の制限酵素位置を図示してくれる「NEBcutter」などがある

SAGE法解析ソフトウェアの配付のほかリンクも充実している

genezyme社の提供するSAGE法に関するページ

画像撮影および解析ソフト「IPLab」のサイト

Macintosh&Windows用の汎用画像解析ソフトIPLabのサイト

Windows版のNIH ImageであるScion Imageがダウンロードできる

ドメイン帰属プログラムHMMERを入手できる

物理的または細胞遺伝的領域内の異なるタイプのマーカーや遺伝子を検索

自動生成したタンパク質の高次構造データベースである．Swiss-PdbViewerによって，同時に複数のタンパク質の高次構造をみることができる．タンパク質間の構造的な類似性や機能部位を調べるのに有用である

東京大学本蔵先生のサイト．バイオインフォマティクスのソフトウエアを研究開発中

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのDNA解析システム

Ken BuetowによるSNP finderソフト

TIGRが提供するいろいろソフトを集めたサイト

SOSUIによるタンパク質配列から膜タンパク質の二次構造の予測を行う

Windows用画像診断ソフトのSigmaScan Pro（数，面積などの計測向き）を作成している

NIH Imageのスタック

糖鎖の構造を，その構造式などから三次元画像に変換するためのツールサイト．PDB，VRML，RASMOLなどの各種三次元画像フォーマットで出力できる

スイスのEMBnet．FDF，TMPREDなどのほかバイオインフォマティクス関連のツール，リンクが充実している

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転写因子の結合部位予測

SDSC（The San Diego Supercomputer Center）のChristopher M. Smith氏の作成による分子生物学・生物工学・生化学・分子進化学・生体分子モデリングに関したツールサイトのリンク集．リンク先の数は膨大なものがあるが，分類が的確で使いやすい

分子モデリングソフトウェアPovChemの公式サイト

アセンブリー用ソフトPhrapや塩基読み取りソフトPhredなどを入手できる

タンパク質の解析や構造予測のサイト

EBIによる塩基配列を入力すると翻訳してくれるサイト

電気泳動のゲル画像解析プログラムIMAGEや，クローンコンティグ作製プログラムFPCなどがある

PCR用primerのTm値を計算してくれる

EMBnetのTMpredにより膜の領域と方向性の予測を行う

NIH Imageのユーザーが作成したNIH Image用マクロ集

RNA解析ソフトウェアVienna RNA Packageのサイト

プライマー設計ツール，翻訳領域予測ツールなどを提供しているサイト．GenBank，Swiss-Protとの連携がされている

核酸・アミノ酸配列のマルチプルアライメント解析ツールサイトを多数収録している．ClustalWやMSA，ToPLignなどのツールサイトを探すときには役立つ

国立感染症研究所の和田昭仁先生（細菌部），石川 淳先生（生物活性物質部）および研究情報運営委員会事務局により運営・管理されている解析ツールサイト

塩基配列からプライマーに適した配列を解析

筑波大学生物学類の土井考爾先生作成による，アミノ酸・核酸配列のマルチプルアライメント（clustal W），アミノ酸・核酸配列データファイルのフォーマット変換（readseq）のサイト．メニューが日本語化されており，利用しやすい

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大阪大学・遺伝情報実験施設のホームページ．核酸・アミノ酸解析ツールのGene WebやE-mailで検索できるサーバーへのリンク集などがある

MSによるタンパク質のペプチドマッピング支援ソフト（MS-mash）やMS/MSによるペプチド一次構造解析支援ソフト（SeqMS）がある．

国立感染症研究所の石川 淳先生が作成・公開している解析ツールサイトへのリンク集．タイトル通り，研究に有益なサイトを項目・目的別に整理してある

JavaScriptを用いた様々な統計処理プログラムがある

定点観測画像記録システム「ListCam」や動体検知キャプチャシステム「MoDeCa」のサポートサイト

京都大学生物物理学教室分子進化学研究室が公開している分子系統樹作成サービス．ただし，得られる系統樹は目安としての利用は可能だが，論文などへの発表には使わないようにとの但し書きがある

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